Il 16 Dic 2005, 11:42, "Roby" <matrixbobNOSPAM_at_tin.it> ha scritto:
> >>a calcolarne i dati sono LHC_at_Home (con la finalit� di calibrare i vari
> >>campi
> >>mi pare)
> > e personalmente ho anche predictor_at_home (
> > http://predictor.scripps.edu/ , cito testualmente "predict protein
> > structure from protein sequence")
> Questo progetto si occupa di trovare nuove strutture proteiche partendo da
> una sequenza di aminoacidi, tentando di predirne la piegatura ed il
> funzionamento a priori, cio�, in assenza di conoscenza strutturale
> dettagliata, o dall'omologia con altra conosciuta, ma non identica,
> proteina.
La faccenda e' un poco piu' complessa, in verita' i test omologici
sono presenti anche nel progetto che citi. Pero' quello che ho
capito e' che il progetto che citi serve per testare algoritmi
che dovranno poi essere usati in nuovi progetti sia con risorse distribuite
sia su calcolatori paralleli. Ora dato che lo utilizzi forse ne
sai piu' di me.
Esisteva poi un progetto di lunga data nel campo dello studio del
folding. Da qualche tempo la IBM ha lanciato un'ulteriore iniziativa.
La worldcommunytigrid. Nonostante sia IBM i codici sono disponibili
anche in versione Linux. La IBM garantisce che il codice ROSETTA
e' il piu' efficace ed integrato al momento disponibile per risorse
distribuite,
io non ne so tantissimo ero fermo a SETI ed MPI. In effetti leggendo la
descrizione sembra che il progetto vada dal genoma alle geometrie ipotetiche
facendo tutti i passi intermedi: riconoscimento dei segmenti secondari,
assemblaggio ragionevole, etc... mi sembra che l'unica cosa che non viene
citata e' il fingering, ma d'altra parte non e' da escludere che sia gia'
negli
algoritmi che producono le strutture ipotetiche. In:
http://www.worldcommunitygrid.org/
Si trovano i link al progetto ISB che punta a
testare una serie di ipotesi di folding cercando di minimizzare un indice
ROSETTA che tiene conto della polarita',
idro-filia o idrofobia, binding dei gruppi che compongono la proteina e che
sono
caricati da un data base dove si trovano segmenti precalcolati.
Quello della ISB E' un sistema basato su nozioni avanzate di biologia
molecolare:
nella fattispecie la struttura primaria (la sequenza) della proteina e'
scomposta in
unita' semplici precalcolate e selezionate per la loro somiglianza con
elementi
funzionali individuati entro le strutture secondarie di proteine gia'
studiate in tutti
i dettagli. In questa fase quindi intervengono i criteri omologici.
A questo punto il PC genera ipotesi sulla struttura secondaria ovvero su
come si impacchettano i segmenti elementari uno con l'altro e ternaria
(ovvero nello spazio). Alla fine diverse ipotesi di geometria sono
confrontate
in base ad un indice noto come indice ROSETTA. Dopo avere selezionato
le ipotesi migliori va a confrontare queste geometrie con le strutture di
proteine
osservate con diffrazione X del pdb (protein data bank).
Le geometrie piu' simili a geometrie
esistenti vengono selezionate ed oltre a dare un premio al PC calcolato
sulla base dell'indice ROSETTA e del match con strutture conosciute
il coordinamento del progetto mette queste strutture a disposizione dei
ricercatori che possono sottoporre queste geometrie ad ulteriori studi
di carattere funzionale.
A questo punto infatti, sulla base di una esperienza nel campo
un ricercatore puo' individuare entro una proteina i principi attivi
la loro funzionalita' legante, la possibilita' di reazioni che comportano
una transizione da una geometria ad un altra. Ad esempio il livello
di pH puo' avere effetti diretti sulla ubicazione nello spazio di un
gruppo funzionale. Sulla base di studi di correlazione si possono
stabilire interazioni fra diverse proteine tenendo anche conto di queste
informazioni di folding...
Da relativamente poco tempo c'e' anche un progetto dal titolo:
fightAIDS_at_home, che si aggiunge alla lunga serie dei progetti
di cui si trovano i link alla pagina:
http://www.worldcommunitygrid.org/
lo scopo del programma AUTODOCK e' studiare cito testualmente:
"come piccole molecole come substrati o farmaci si legano ad un
recettore di nota geometria 3D. Anche questo fa parte dei progetti dello
Scripps research institute.
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Inviato via
http://arianna.libero.it/usenet/
Received on Fri Dec 16 2005 - 18:08:14 CET