Giorgio Bibbiani <giorgio_bibbianiTOGLI_at_virgilio.it.invalid> wrote:
> In effetti sarebbe meglio se dawe spiegasse dettagliatamente quale sia
> il sistema studiato e in particolare quale sia lo scopo del calcolo della
> "velocita' media".
Mmm, dunque, � roba di biologia, sto cercando di valutare quanto
velocemente il DNA viene replicato negli esseri umani. Sappiamo che � un
processo parallelo: la replicazione parte in pi� punti e in pi� tempi,
ogni forca (si chiamano cos� gli eventi di replicazione) procede fino a
che non ne incontra un'altra in senso opposto di marcia sulla stessa
molecola oppure quando arriva alla fine.
Il mio sistema di coordinate � ad una dimensione lungo la sequenza di
DNA (lungo ogni cromosoma). Per ogni punto ho il valore del tempo in cui
quel punto viene replicato, anche se si tratta di una interpolazione
(per il momento lasciamo stare come l'ho ottenuta).
Per quanto riguarda lo spazio: non ho esattamente idea di dove ogni
forca cominci o finisca, anzi... quello che ho sono "regioni" in cui so
avvenire la replicazione. Queste regioni sono intervalli discontinui
lungo il cromosoma e, per quello che sappiamo, � ragionevole pensare che
siano simmetrici e che le forche siano poste nel punto medio di ciascun
intervallo. Da ogni "start" procedono due forche in direzioni opposte.
Siccome non abbiamo idea di dove le forche si incontrino (e finiscano)
supponiamo che sia ragionevole prendere il punto medio tra due estremi
di due intervalli consecutivi. Per esempio:
- intervallo 1 si estende tra 200 e 1000 (unit� arbitrarie)
- intervallo 2 si estende tra 2000 e 6000
il cromosoma � lungo 10000
abbiamo quattro forche che partono a 600 e 4000. una terminer� la sua
corsa quando arriva al punto 0, una quando arriva al punto 10000, due si
scontreranno al punto 1500. Di questi oggetti io ne ho circa 4500. �
ragionevole pensare che la velocit� con cui procedono le forche sia
costante (pi� che altro non ci sono evidenze di enzimi che fanno questo
lavoro in maniera non costante, ma questa � un'altra storia). Nel nostro
caso abbiamo 4 dx (600, 900, 2500, 6000), i dt metteteli voi a caso (non
� importante). Il mio problema � che i dx sono verosimilmente sbagliati,
questo a causa della misura che ho degli intervalli, ne consegue che
(soprattutto) le fini delle forche siano sbagliate. Che altro dire?
Qui c'e' uno scatterplot di quello che cercavo di dire all'inizio
http://dl.dropbox.com/u/275606/scatter.png
per cui mi sembrava ragionevole fare una regressione lineare di questi
dati per avere una buona stima della velocit�.
Grazie
d
Received on Thu Jul 28 2011 - 00:30:09 CEST
